中国足协在9月15日发布了《中国足协关于2021中国足球协会杯正赛阶段竞赛规程的补充通知》，表示将为拥有国脚的俱乐部开启临时转会窗口，时间是2021年9月29日至2021年10月12日。

这次调整是为了保证足协杯的顺利进行，有被国家队征召球员的俱乐部可以在此窗口完成球员的租借、转会和足协杯补报。换言之，补报球员只能用于足协杯。转会球员为目前在中国足协注册的球员，包括在中国足协注册的本土球员和外援。

另外，被国足征召了U23球员的俱乐部可以在足协杯正赛阶段不执行U23球员政策。朱辰杰和郭田雨两名U23球员入选国足，因此申花和山东可以不在足协杯上执行U23政策。俱乐部转会补报球员的名额，不得超过国家队征召球员数量。

如任何球队因防疫问题无法完赛，将会被视作弃赛。